Brennan piensa en su futuro profesional y en su relación con Booth y tomar una decisión, en Bones

Al final el principio 
Con motivo de un proyecto antropológico en Maluku, sus organizadores piensan en la doctora para que lidere los trabajos de campo. Desorientada e insegura después del juicio contra Heather Taffet, Brennan deberá pensar en su futuro profesional y en su relación con Booth y tomar una determinación. Booth, por su parte, recibe la visita de un soldado, que le muestra los deseos de sus superiores de que retorne a la Armada y trabaje Afganistán. El agente tiene clara su respuesta, pero una conversación inesperada podría hacerle cambiar de opinión. Hodgins, por su parte,  recibe la inesperada visita de su suegro (Billy Gibbsons), que le pide ayuda con un asunto algo turbio.

Todo se tratará de una prueba para comprobar si verdaderamente se merece a Angela como esposa. Mientras, Sweets se ve obligado a tomar una decisión sobre su relación con Daisy, ya que ésta también ha sido requerida en el proyecto de Maluku y tiene muy claro que no quiere perdérselo.

El mastodonte en la habitación
Cam está a punto de perder su trabajo debido a unas declaraciones en televisión y Caroline pide ayuda a todo el equipo para que regrese a Washington. Brennan y Daisy no han tenido éxito en Maluku y Booth se ha dado cuenta de que necesita estar cerca de su hijo. Sweets se ha convertido en un joven bohemio y todos los becarios se han buscado otros trabajos alternativos. A pesar de todo, no será difícil convencerlos para que vuelvan a sus antiguos puestos y ayuden a su ex jefa a recuperar su reputación y confirmar la identidad del cadáver de un pequeño. Sin embargo, no todo serán buenas noticias tras su regreso.

La pareja en la cueva
Hannah (Katheryne Winnick), la periodista de la que Booth se enamoró en Afganistán, regresa por sorpresa a Washington para quedarse. Brennan trata de esconder que su presencia la incómoda, pero todos sus compañeros se dan cuenta de ello. En el terreno laboral, el equipo investiga el hallazgo de dos cadáveres en un parque natural. Se trata de una mujer que trabajaba como directora de marketing de una empresa y de un hombre con un gran parecido al actor George Clooney del que no logran conseguir una identificación exacta.

El rockero en el ciclo de aclarado
El cadáver de un rockero es hallado en el interior de una lavadora en un hotel. Brennan y Booth descubren que la víctima era uno de los alumnos de un campamento para jóvenes promesas de este estilo musical, en el que el guitarrista Erik Dalton (Josh Todd, líder de la banda americana Buckcherry) era la estrella invitada. La pareja de expertos interrogará a los sospechosos y no dudará en participar también en el campamento interpretando juntos una canción si la investigación lo requiere.

El secreto del asedio
Christopher Pelant reaparece y asesina a varios agentes del FBI que compartieron pasado con Booth. Sweets se da cuenta a través de las evidencias de que algo le es familiar, y descubre que se está basando en unos documentos inéditos escritos por él. Brennan reevalúa su relación con Booth, temiendo que él sea su objetivo final, cambia su manera de pensar respecto a su situación de pareja.

La bruja en el armario
Los cadáveres de dos mujeres aparecen entre los restos de una cabaña incendiada en mitad de un bosque. Brennan y Booth se trasladan hasta allí con Angela y Hodgins para investigar en los alrededores, donde descubren que uno de los cadáveres pertenece a una joven muerta recientemente mientras el otro podría ser el de una de las brujas de Salem. Este caso entusiasma a Sweets, un experto en religión Wicca que ayudará a los investigadores a resolver los misterios que se esconden tras las pistas. Mientras, Hodgins y Angela terminarán arrestados por el sheriff Gus Abrams debido a las imprudencias del primero al volante. El tiempo que pasen juntos entre rejas les ayudará a darse cuenta de lo que sienten.